El punto de conflicto está generado por la visión de las Evaluaciones ambientales estratégica (EAE) propuestas por el organismo para la apreciación de las obras.
Las organizaciones de la sociedad civil ven con preocupación el concepto que se le otorga a esta herramienta dado que su implementación tiene inconsistencias, por que "las EAE son propuestas como medidas de mitigación de los impactos sociales y ambientales de estos megaproyectos, cuando en realidad deben ser propuestos como herramientas fundamentales que incorporen aspectos sociales y ambientales a las políticas, planes y programas que deberían definir previamente la necesidad o no de estos proyectos de gran magnitud", expresaron en la carta.
La iniciativa contempla un plan de obras de infraestructura que fue acordado en la reunión de Presidentes de América del Sur realizada en Brasilia, en el 2000.
Esta iniciativa, promocionada por instituciones financieras multilaterales de la región, entre las que se encuentra el BID, propone la integración económica partir de una serie de obras de alto impacto para los ecosistemas y los medios de subsistencia de la región, a través de una transformación de la geografía y las regulaciones de los territorios sudamericanos.
Así mismo, las organizaciones plantean su preocupación "en torno a la iniciativa Iirsa, como conjunto de proyectos, ya que en nuestro concepto no cuenta con los instrumentos adecuados que garanticen la integridad del medio ambiente y la consulta con los ciudadanos".
También destacan su preocupación "ante la percepción creciente de que Iirsa, y sus proponentes estarían contribuyendo aceleradamente a la destrucción de la Amazonia, el Pantanal, el Chaco y la Cuenca del Plata, acelerando el cambio climático".
Entre las entidades firmantes se encuentran las Argentinas, M´Biguá y la Fundación ambiente y recursos naturales (Farn).