O projeto de construção das usinas Santo Antonio e Jirau, no Rio Madeira, também é alvo de outras críticas, além dos aspectos ambientais. O valor das obras, de cerca de R$ 20 bilhões e o fato de não terem incluído as linhas de transmissão no estudo de impacto ambiental são alvo dos questionamentos dos defensores do meio ambiente.

O coordenador do Instituto Madeira Vivo, Iremar Antônio Ferreira, até acredita que haja demanda por energia e que a energia gerada pelo Madeira será levada ao Sistema Interligado Nacional, conforme anunciado pelo governo.

Mas ele defende a repotencialização de usinas para atender a demanda. Tornar mais eficientes usinas que operam há alguns anos é uma alternativa defendida também pelo diretor do programa International Rivers Network, na América Latina, Glenn Switkes. A rede trabalha pelo uso sustentável dos rios e na defesa das populações ribeirinhas atingidas por grandes obras.

"Há várias alternativas energéticas para o Brasil. Estudos de organizações não-governamentais como WWF e Greenpeace apontam que a eficiência e a diversificação de fontes energéticas podem ser suficientes para o Brasil se desenvolver".

Switkes cita resultados de estudos independentes, contratados pelo Ministério Público de Rondônia, que mostram a fragilidade de espécies de peixes como o bagre, que não conseguiria ‘subir’ os vertedouros, vias de passagem para a água do rio que não passa pelas turbinas.

Além disso, ele lembra que o Madeira é o rio que mais carrega sedimentos que vêm da Cordilheira dos Andes. "Os sedimentos levam consigo nutrientes importantes para toda a cadeia de vida do Madeira", destacou.